Το Π.Μ.Σ. «Προηγμένα Συστήματα Αυτοματοποίησης» αναπτύσσεται σε 3 εξάμηνα σπουδών και το σύνολο των πιστωτικών ονάδων για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε ανέρχεται σε 90 πιστωτικές μονάδες (μονάδες E.C.T.S.). Τα δύο πρώτα εξάμηνα οι φοιτητές παρακολουθούν συνολικά οκτώ μαθήματα ενώ το τρίτο εξάμηνο εκπονούν τη μεταπτυχιακή διπλωματική τους εργασία. Κάθε μάθημα είναι διάρκειας 3 ωρών εβδομαδιαίως και αντιστοιχεί σε 7,5 πιστωτικές μονάδες του συστήματος European Credit Transfer Scheme (E.C.T.S.). Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία αντιστοιχεί σε 30 πιστωτικές μονάδες του συστήματος European Credit Transfer Scheme (E.C.T.S.). Το Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει υποχρεωτικά μαθήματα «κορμού» και μαθήματα «επιλογής».
Ως κύρια γλώσσα διδασκαλίας των μαθημάτων σε κάθε τους μορφή (θεωρία, ασκήσεις, εργαστήρια, εργασίες, σεμινάρια, εξετάσεις κ.λ.π.) ορίζεται η Ελληνική. Το αυτό ισχύει και για τη Διπλωματική Εργασία. Παρέχεται εντούτοις η δυνατότητα διδασκαλίας ολόκληρων ή μεμονωμένων μαθημάτων στην Αγγλική γλώσσα, καθώς και η εκπόνηση εργασιών και τελικών γραπτών εξετάσεων στην ίδια γλώσσα. Επίσης, παρέχεται η δυνατότητα εκπόνησης Διπλωματικής Εργασίας στην Αγγλική γλώσσα είτε στο σύνολό της είτε εν μέρει, εφόσον οι φοιτητές το επιθυμούν. Κατά συνέπεια, οι υποψήφιοι φοιτητές του Π.Μ.Σ. πρέπει να γνωρίζουν καλά την Αγγλική γλώσσα (επίπεδο Β2 και άνω).
Σύμφωνα με τα ΦΕΚ ίδρυσης του Μεταπτυχιακού, η διδασκαλία των μαθημάτων μπορεί να γίνεται με ταυτόχρονη φυσική παρουσία των φοιτητών και των διδασκόντων (διά ζώσης) ή με εξ αποστάσεως σύγχρονη ή/και ασύγχρονη εκπαίδευση (χωρίς αναγκαστική ταυτόχρονη φυσική παρουσία φοιτητών και διδασκόντων) ή υβριδικά με ευέλικτες μορφές μάθησης χρησιμοποιώντας συνδυαστικά τη δια ζώσης εκπαίδευση και τη χρήση των τεχνολογιών πληροφορικής και επικοινωνιών αλλά και επικουρικά την εξ’ αποστάσεως διδασκαλία. Η με οποιαδήποτε μορφή εξ αποστάσεως εκπαίδευση δεν μπορεί να υπερβαίνει συνολικά το 30% των ωρών διδασκαλίας των μαθημάτων του Μεταπτυχιακού.