Το Π.Μ.Σ. λειτουργεί με τα νόμιμα διοικητικά όργανα τα οποία είναι:
α) ο Διευθυντής του Μεταπτυχιακού: Απόστολος Τσαγκάρης (Αναπληρωτής Καθηγητής)
α) ο Αναπληρωτής Διευθυντής του Μεταπτυχιακού: Δημήτριος Τριανταφυλλίδης (Αναπληρωτής Καθηγητής)
β) η Συντονιστική Επιτροπή του Π.Μ.Σ.: Απόστολος Τσαγκάρης (Αναπληρωτής Καθηγητής), Δημήτριος Τριανταφυλλίδης (Αναπληρωτής Καθηγητής), Θεόδωρος Κοσμάνης (Αναπληρωτής Καθηγητής), Απόστολος Κορλός (Αναπληρωτής Καθηγητής), Στέλιος Ξανθός (Αναπληρωτής Καθηγητής)
γ) η Συνέλευση του Τμήματος Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Διεθνούς Πανεπιστημίου Ελλάδος